第二套新房办房产证需要的费用有：
1、契税：契税按房款3%征收;住宅登记费每套80元，非住宅登记费每套550元;公共资金是用于小区管理、小区物业建设的费用，框架结构按照每平米16.8元缴纳，砖混结构按照每平米15.6元缴纳；
2、工本费：居民住宅每套80元，如有共有权证增收工本费10元/本。其它房产建筑面积500(含500)㎡以下的每宗200元，500～1000㎡的为300元，1000～2000㎡的为500元，2000～5000㎡的为800元，5000㎡以上的为1000元;如共有权证增收工本费10元/本；
3、印花税：印花税：分为“产权转移书据”印花税和“权利、许可证照”印花税。“产权转移书据”税目税率为万分之五，计税依据为书据中所载的金额，买卖双方均要交纳：“权利、许可证照”税目适用5元/件的定额税率，买方交纳。
二手商铺签协议注意事项有：
1、首先要确定跟你签合同的人是不是真实房东？这点一定要注意！冒充房东来骗取转让费租金的事情不是没有发生过；
2、要搞明白这个铺是房东直接出租还是租客生意转让？合同是跟房东签还是跟租客签？跟租客签要注意他之前跟房东签的合同还有多久到期？到期后还能不能续签？
3、要问清楚你所做的行业容不容许做？比如有的商铺没有烟道，无法排烟，餐饮就不能做。有的商铺有明确规定可以做餐饮，但有消防上的因素不能有明火，奶茶、蛋糕可以做，炒菜、烧烤就不行。
4、接下来就是确定租金多少转让费要多少？是空铺转让还是带装修带设备带技求整体转让？水电费、物业管理费各是多少？一次性能签多久？到期了还能不能续签？租金每年有没有递增？递增多少？有没有免租期？房东要不要收喝茶费？这些问题一定要搞明白，落实清楚，别使懒嫌麻烦！这些都是要写进合同里的！以后某方面如果出问题，你可以拿出来维权！
5、关于租金跟转让费能不能优惠的问题，这就要看商铺的价值跟你个人的谈判能力了，在此，红本哥就不再赘述了，有问题可以关注我，发私信。
